4月13日，国务院召开了全国非典型肺炎防治工作会议。会后，教育部高度重视，认真组织传达学习，切实贯彻落实会议精神。全国非典型肺炎防治工作会议结束的当晚，受教育部党组书记、部长周济委托，党组成员、副部长张保庆召开党组会议，向在京的部党组成员及有关司局负责同志传达了会议主要精神，并对有关工作立即进行了部署。4月14日上午，张保庆又主持召开了党组扩大会议，向机关各司局负责同志传达了温家宝总理讲话，要求教育系统要将防治非典型肺炎工作当作教育部门当前各项工作的重中之重，从维护广大师生员工生命安全和教育改革发展稳定大局出发，切实做好各项工作。按照部党组部署，4月14日下午，教育部召开各直属单位负责人会议，传达全国非典型肺炎防治工作会议精神，并要求各单位结合实际，明确责任，积极主动地开展工作，坚决、有效地防止疫情。同时，教育部机关各司局也进行了传达部署。
4月14日，教育部向全国教育行政部门和各级各类学校下发《关于贯彻全国非典型肺炎防治工作会议精神，做好学校非典型肺炎预防与控制工作的通知》。
《通知》指出，自广东省部分地区发生非典型肺炎局部流行以来，党中央、国务院对非典型肺炎的预防和控制给予了高度重视，胡锦涛总书记、温家宝总理等中央领导多次作出重要批示。4月13日，国务院召开了全国非典型肺炎防治工作会议，温家宝总理发表了重要讲话，我们务必充分认识非典型肺炎防治工作的复杂性、艰巨性和反复性，做好充分的思想准备和工作准备，绝不可掉以轻心，有丝毫的麻痹松懈思想。搞好非典型肺炎防治工作，直接关系广大人民群众的身体健康和生命安全，直接关系改革发展稳定的大局，直接关系国家利益和我国国际形象。全国上下必须进一步动员起来，坚决打好同非典型肺炎疫情作斗争这场硬仗。学校、机关、军队等单位，特别是中小学和幼儿园，都要采取有针对性的措施，加强监控和防范。
《通知》要求，各级教育行政部门(包括目前未发生病例的地区)都要高度重视学校非典型肺炎的预防和控制工作，充分认识其重要性和紧迫性，主要负责同志要亲自抓，总负责，领导班子中要有专人抓。各省级教育行政部门要进一步完善工作机构和协调机构，建立起应急机制。教育行政部门内各有关业务部门要明确责任，通力协作，密切配合，切实做好学校非典型肺炎的预防和控制工作。
《通知》指出，要按照国务院的统一部署及教育部的工作要求，在当地政府的具体领导和部署下，狠抓各项防范措施的落实。各级教育行政部门必须按照《通知》精神，对学校非典型肺炎的预防和控制工作进行具体部署，狠抓各项防范措施的落实。同时，要将《通知》的精神和要求迅速传达到基层教育行政部门，将防范措施落实到每所学校。当前，要特别注意做好中小学与托幼机构的预防与控制工作。
《通知》指出，要加强学校非典型肺炎的监控和疫情报告制度。学校医疗机构及医务人员要密切关注学校师生员工的健康状况。中小学与幼儿园教师尤其是班主任要注意随时观察学生和幼儿的精神状态和健康状况，一旦发现有发烧、头疼、咳嗽等症状者，要及时通知其家长带领其到医院及时进行诊治。一经确认为非典型肺炎或疑似非典型肺炎，要在迅速向卫生部门报告的同时向上级教育主管部门报告情况。要密切配合卫生部门做好对有关人员的隔离和检查，做好对有关场所的消毒，严防疫情传播和蔓延。
《通知》要求，各地参照《广东省学校、托幼机构预防与控制非典型肺炎工作指引》要求，制定本地区学校、托幼机构预防与控制非典型肺炎的预防措施以及发生非典型肺炎后的应对预案，并报送教育部。
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广东省学校、托幼机构预防与控制非典型肺炎工作指引
一、加强教室、午休室和活动场所等室内的通风换气，保持室内空气清新。尽量不使用空调，确要使用空调设备的场所，必须定期换气。
二、认真做好学校室内外的环境卫生。
三、建立晨检制度，每天进行晨检，有条件的学生家长可每天早晚测量孩子的体温，及时掌握学生健康状况。一旦发现学生、教职工有发热(尤其是高热)、头痛、咳嗽等症状，要及时送医院检查治疗。
四、经医院诊断为疑似或确诊非典型肺炎的师生，要按有关规定进行隔离治疗，治愈出院后要留在家中休息1周，病情确无反复方可回校上课、上班。
五、对非典型肺炎病人的密切接触者(同班、同室)要加强观察，凡有可疑病症(发热、头痛、咳嗽)者，要及时送到医院检查治疗。有寄宿的学校，对病人的同宿舍人员要隔离，进行医学观察2周，观察期间不能参与集体活动，隔离场所要选定在相对独立、通风良好的房间或区域。
六、家庭成员中有非典型肺炎病人的学生、教职工，学校要动员其留家观察10天，无出现发热、咳嗽等呼吸道症状后再回校上课(班)。
七、对出现非典型肺炎患者的学校，该患者所活动过的室内场所要在疾病预防控制中心(卫生防疫站)指导下进行终末消毒。
八、对缺勤的学生、教职工要进行调查，如果医院诊断为疑似或确诊非典型肺炎的，要及时报告当地疾病预防控制中心和教育局。
九、加强宣传健康教育工作。可利用墙报、广播、局域网络、上健康教育课等多种形式进行呼吸道传染病的预防知识宣传教育，让学生了解和掌握春季多发病的预防知识，明白非典型肺炎可防可治，消除不必要的紧张和恐惧心理，要注意勤洗手，搞好个人卫生，养成良好的卫生习惯，加强营养和合理的休息，防止过度的紧张和疲劳，并注意防寒保暖。